Zusammensetzung von Zellen in Gewebe

Gewebe enthalten sehr viele unterschiedliche Zelltypen. Die Zusammensetzung der Zelltypen kann relevant sein, beispielsweise für die Analyse von unbekannten Gewebeproben oder um das Ausgangsmaterial für zellfreie DNA zu bestimmen. Wir haben viele DNA Methylierungsprofile von definierten Zelltypen untersucht um eine Signatur zu etablieren die es ermöglicht die Zusammensetzung von Zellen abzuschätzen. 

Literaturverweis:

Schmidt et al. Deconvolution of cellular subsets in human tissue based on targeted DNA methylation analysis at individual CpG sites. BMC Biology, 2020.

 

Deconvolution 1
Multidimensional Scaling (MDS) Plot des Training-Datensatzes.

 

Deconvolution of cell types 2
Dekonvolution von in vitro DNA Mischungen. Fünf verschiedene Mischungen von DNA wurden mittels Pyrosequenzierung untersucht. Dargestellt sind die geschätzten und echten Zusammensetzungen von Zelltypen.