Nicht-invasive DNA Isolation

Genomische DNA kann nicht-invasiv aus Zellen der Mundschleimhaut gewonnen werden - allerdings sind die dabei gewonnen Proben heterogene Mischungen von Leukozyten und Epithelzellen. Der Prozentsatz der Leukozyten kann dabei in Mundschleimhautabstrichen zwischen 5% und 60% variieren; in Speichelproben zwischen 16% und 95%.

 

Die zelluläre Zusammensetzung ist relevant

Die zelluläre Zusammensetzung von Mundschleimhaut-Epithelzellen und Leukozyten muss für verschiedene Anwendungen berücksichtig werden - insbesondere für epigenetische Untersuchungen da beispielsweise die DNA-Methylierungsmuster in den beiden Zelltypen sehr verschieden sind. Daher kann auch die Präzision von epigenetischen Altersabschätzungen durch diese zusätzliche Information gesteigert werden.

 

Buccal-Cell-Signatur

Anhand von vielen genomweiten Datensätzen haben wir zwei spezifische Genombereiche identifiziert, die entweder in Epithelzellen oder Leukozyten methyliert sind (assoziiert mit den Genen CD6 und SERPINB5). Diese Regionen können mittels Pyrosequenzierungsverfahren kostengünstig analysiert werden und zu einer "Buccal-Cell-Signatur" verrechnet werden. Das Ergebnis korreliert mit dem Gehalt von Mundepithelzellen (R2 = 0.94). Die Buccal-Cell-Signatur kann mit der epigenetischen Alterssignatur kombiniert werden um die Präzision der Altersabschätzungen weiter zu steigern.